メフメット2世のコンスタンティノープル征服後、1461年に設立された。メフメット2世は他宗教にも寛容であったため、この大司教会設立後多くのアルメニア人がイスタンブルへと流入し、数々のアルメニア教会が建てられた。この大司教は世界4つのアルメニア大司教の1つであり、ほかの3つはイェレヴァン、ベイルート、イェルサレムにある。