トプカプ宮殿の第一中庭の一角に位置するビザンツ時代の最初の教会。330年代に建造された。アヤイリニの意味は「聖なる平和」だが、同世紀に存在した聖女の名でもある。聖女イリニの本来の名はペネロペであり、キリスト教布教に従事した。偶像崇拝者たちの迫害を受け、蛇の井戸に投げ込まれたり投石されたりなどしたが数々の奇跡が聖女イリニを救ったため、とうとう偶像崇拝者たちもキリスト教に改宗したという。
最初に建てられたアヤイリニ教会は木造であり、2度も火事で焼失した。火事だけでなく震災もあい、3度の修築が行われた。
コンスタンティノープル陥落後、メフメット2世はアヤイリニ教会を武器倉庫にした。倉庫内の武器がアンティークと呼ばれるほど古くなると、1869年にオスマン朝初の博物館、ミュゼイ・ヒュマーイン（帝国博物館）となり教会の2階へと上る階段が付け加えられた。その後作品展示の場所が足りなくなると、アヤイリニ教会内の作品はチニリ・キョシュクへと移され、1908年にアヤイリニは軍事博物館として公開された。現在一般公開されていないが、近年になってイスタンブル音楽祭のコンサート会場として使われるようになった。